微生物肥料是以微生物的生命活動導致作物得到特定肥料效應的一種制品，是農業生產中使用肥料的一種。其在我國已有近50年的歷史，從根瘤菌劑——細菌肥料——微生物肥料，從名稱上的演變已說明我國微生物肥料逐步發展的過程。

長期以來，社會上對微生物肥料的看法存在一些誤解和偏見。一種看法認為它肥效很高，把它當成萬能肥料，甚至揚言可以完全取代化肥；另一種看法則認為它根本不是肥料。其實這兩種都是偏見。國內外多年試驗證明，用根瘤菌接種大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，確實有增產效果，合理應用其它菌肥拌種或施用微生物肥料，對非豆科農作物也有增產效果，而且有化肥達不到的效果。因此，我們認為它是肥料，又與傳統化肥和有機肥在概念和內涵上不同。